Fué «el hombre imprescindible» de la política financiera imperial, de la época.
A partir de 1530, Cobos junto a Gravella, se convierte en el mas prominente eficaz y todopoderoso consejero de Carlos V. Ambos acompañarán a Emperador en todos sus viajes, siendo sus principales agentes en todas las negociaciones diplomáticas.
Era de familia noble pero de no muy alta hidalguía, sin embargo a lo largo de su vida experimentó un crecimiento personal, político y económico verdaderamente asombroso.
A él se le debe entre otras muchas, la realización de uno de los mas importantes complejos de la arquitectura privada del renacimiento español, la Sacra Capilla del Salvador del Mundo.
Mandada construir en 1536, formaba parte de un extenso programa artístico, para lo que recurrió a artistas de primer nivel.
El proyecto inicial se encargó a Diego de Siloé, mientras que la realización corrió a cargo de Andrés de Vandelvira a partir de 1540.
Francisco de los Cobos fue caballero de la Orden de Santiago, comendador mayor de León en dicha Orden, adelantado de Cazorla, Contador Mayor de Castilla, Secretario de Estado del emperador Carlos I.
Fué Señor de Sabiote, Jimena, Recena, Torres, Canena y Vellisca. Se mostró dispuesto a ampliar el proyecto de renovación y embellecimiento de Úbeda a los pueblos que fue incorporando a sus propiedades.
Como señor de Sabiote promovió la reconstrucción del castillo allá por el siglo XVI con el fin de convertirlo en su noble palacio-residencia.
La renovación corrió a cargo de Pedro de Vandelvira, al que precisamente conoció en Italia. y está inspirado en fortificaciones italianas renacentistas, influjo de los viajes de éste «señor todopoderoso de La Loma».
En el castillo se conservó, durante varias décadas, la escultura de Miguel Ángel conocida como el San Juanito de Úbeda, hasta que fue trasladado a dicha localidad, a la Sacra Capilla del Salvador.
Consigue como donación la explotación salinera de Nicaragua y adquiere los yacimientos y explotaciones mineras de Vera, Azuaga, Toledo, Navarra, Cartagena y Lorca.
Recibió una prebenda que será el espaldarazo definitivo a sus finanzas: Ensayador mayor de los metales preciosos de la Casa de Contratación de las Indias.
Este título le proporcionará una riqueza incalculable.
En 1539 y 1545 los compromisos del emperador le hacen dejar la regencia de las posesiones peninsulares en su hijo, el futuro Felipe II, incluyendo entre sus recomendaciones seguir los consejos de Francisco de los Cobos.
En febrero de 1547, Francisco de los Cobos se retira a su ciudad natal aquejado de una enfermedad que complicará su último año de vida.
Finalmente fallece en Úbeda el 10 de mayo de ese año.
